Science : pourquoi les univers parallèles quantiques sont la source du réchauffement climatique (Spécial Michel Onfray)

[Udo Femi]

On entend parler du variant Sud-Af qui serait (peut-être) pas une bonne nouvelle pour les vaccins.
On risque pas d'avoir toujours une vague de retard, avec une immunité en augmentation qui va sélectionner les mutations résistantes?
 

C'est le principe de la pression sélective, appliquée via une campagne de vaccination ou une immunité acquise post-infection.
Je ne suis pas sûr qu'on ait déjà cartographié exactement les zones de la protéine Spike qui sont ciblées par les anticorps polyclonaux (= multiples) et quand bien même, cela peut varier d'un undividu à l'autre.
Du coup, s'affoler que la fameuse mutation E484K (le remplacement d'un acide glutamique par une lysine en position 484) va mettre la stratégie vaccinale par terre, non.
Surveiller et étudier, oui.

Ce qu'on sait pour le moment, c'est que les anticorps de certains patients infectés perdent une partie de leur pouvoir neutralisant in vitro sur des virus présentant une mutation en position 484. Cette perte de capacité est variante d'un sérum d'individu à l'autre. Ledit sérum est aussi prélevé à un temps T et ils ont remarqué que la réponse anticorps de l'hôte évolue avec le temps (pour compenser ?)

Bref aujourd'hui on commence à comprendre quelles sont les séquences clefs du virus qui codent pour des structures physiques importantes en vu de neutraliser les particules virales.

La GROSSE question: est-ce que notre système immunitaire, lorsqu'il répond à l'infection ou la vaccination, se focalise sur un petit nombre d'épitopes à la surface de la protéine Spike ?
Ou bien génère-t-il une myriade d'anticorps différents qui ciblent un grand nombre de structures ?
Spécialisation ou Polyvalence ?

En gros, réagit-on à SARS CoV-2 comme aux Influenza (grippe), lesquels mutent quelques petites parties de leur anatomie afin d'échapper à la réponse immunitaire, nécessitant une modification du vaccin régulière pour remettre le système immunitaire sur le droit chemin ?
Ou alors est-ce que notre réponse immune au SARS COV-2 est du type de celle qu'on fait aux morbillivirus (ex: rougeole), auquel cas le système immunitaire tape un peu partout sur l'anatomie du virus et que celui-ci a beau muter ponctuellement ça et là, il n'échappe pas à la patrouille ?

Je vous mets ici la conclusion d'un super papier à ce sujet que je viens allégrement de cannibaliser pour vous faire la réponse ci-dessus:

Some viruses, such as measles, are antigenically stable such that immunity from an initial infection or vaccination typically provides life-long protection (Linnemann, 1973;Panum, 1939. Others, such as influenza virus, undergo rapid antigenic drift, such that immunity elicited against one viral strain can be ineffective against that strain’s descendants just a few years later (Leeet al., 2019;Smith et al., 2004). It remains an open question the extent to which mutations that substantially affect the antigenicity of SARS-CoV-2 will fix during viral evolution. The escape mutation maps we have generated, as well our methodology forrapidly creating such maps for additional antibodies and sera, should help answer this question by facilitating assessment ofthe antigenic consequences of mutations observed during viral surveillance.

Source: https://www.sciencedirect.com/science/a ... 2820306247

[Udo Femi]

En même temps, il me semble que les vaccins à ARNm peuvent être assez rapidement recombinés. Probablement à un rythme plus rapide que l'apparition de virus recombinants.

J'ai cru entendre une communication de ce genre de la part de Pfizer...

Effectivement, les vaccins à ARN sont bein plus facilement modifiables car ils ne nécessitent qu'un changement de formulation minime de leur ARN. Par contre, la campagne de vaccination doit être refaite chaque année.

On se dirige peut-être vers un scénario à la Influenza.

-1- on tape un gros coup sur la gueule du virus et de la pandémie via une campagne de vaccination massive et rapide - quels que soient les commentaires à ce propos, envisager de vacciner la population mondiale en si peu de temps (12-15 mois) sera un accomplissement ENORMISSIME sans équivalent dans l'histoire de l'humanité. Point.

-2- on ne relâche pas la pression des gestes barrières et de toutes les actions de dépistage-traçage-isolement pendant ce temps afin de ne pas laisser la latitude à des variants ponctuels de prendre massivement la place du virus "original"

-3- on monitore les nouveaux cas de contamination de très près afin d'identifier les mutations qui permettent d'échapper aux vaccins existant et on se sert des données pour préparer une nouvelle version adaptée du vaccin.

-4- Idéalement, on innocule ce nouveau vaccin uniquement aux personnes à risque car la couverture vaccinale initiale/l'immunité acquise est suffisante pour l'essentiel de la population générale et ne laisse pas les nouvelles variantes faire "trop de dégâts" (ce qui reste à définir).

Donc tout ceci est une combinaison de science, de chance et d'actions de santé publique à prendre et maintenir.

Mais oui, la possibilité de sortir une nouvelle version du vaccin via des modifs simples, faciles à valider et mettre en production comme l'ARN pourrait nous sauver les miches, le as échéant.

Ou alors les vaccins actuels sont suffisants car conférant une réponse large que le virus ne peut contourner via des mutations.
On verra en avançant.

[bashar29]

Merci pour tous ces éléments

[Kandjar]

Avec peut-être, si le gros de l'épidémie est passée, la possibilité de faire un réel "tester-tracer-isoler" efficace sur les nouveaux variants, ce qui permettrait de localiser ces campagnes de revaccination.

[Udo Femi]

Avec peut-être, si le gros de l'épidémie est passée, la possibilité de faire un réel "tester-tracer-isoler" efficace sur les nouveaux variants, ce qui permettrait de localiser ces campagnes de revaccination.

Vu la dynamique de déplacement du virus, qui suit celle des populations, je doute que les variants qui viendront à apparaître restent endémiques (et donc localisés à une région donnée) et qu'on soit assez rapide pour appliquer une "nouvelle" vaccination efficacement.

[Kandjar]

Oui hein...

[cdang]

Je vais refaire mon enquiquineur, quitte à mettre en évidence que je ne panne rien et que du coup je m'accroche au seul petit truc que j'ai pigé, mais :

Influenza (grippe), lesquels mutent quelques petites parties de leur anatomie afin d'échapper à la réponse immunitaire

Je sais que c'est un raccourci et que tu as expliqué toi-même ce qu'il en était, mais je pense qu'il est important d'asséner qu'il n'y a pas de stratégie d'évolution chez le virus mais que ce ne sont que des erreurs de photocopie.

Pourquoi ça me semble si important ? Parce que ça montre que moins il y a de réplication, moins il y a de mutation (moins il y a de photocop', moins il y a d'erreur) et donc que la meilleure manière de ralentir les mutations que tout le monde craint c'est d'appliquer les gestes barrière. Tu le dis d'ailleurs toi-même :

-2- on ne relâche pas la pression des gestes barrières et de toutes les actions de dépistage-traçage-isolement pendant ce temps afin de ne pas laisser la latitude à des variants ponctuels de prendre massivement la place du virus "original"

mais je pense que c'est vraiment le clou à enfoncer.

[Udo Femi]

@cdang : on aborde là des questions quasi-philosophiques mais totalement pertinentes. Est-ce que le virus a des stragtégies d'évasion par lui-même ?
Est-ce qu'il peut être considéré comme faisant partie du "vivant" ?
Est-ce qu'un "organisme" uniquement constitué d'acides nucléiques enrobés dans des protéines et qui a besoin de pirater la machinerie cellulaire de son hôte pour se rerpoduire à l'identique est du domaine du vivant ?
Les bactéries sont autonomes: elles possèdent intrinsèquement tous les outils pour se reproduire: ADN, ARN, ribosomes, Golgi, etc... et perpétuer son matériel génétique (ce qui est la définition du "vivant")
Les virus. pas du tout.
Je me rappelle certains cours de virologie où on parlait presque de virus comme des particules minérales... bref on peut se poser des questions sur les virus qui relèvent de celles qu'on se pose(ra) sur la conscience des IA
C'est vertigineux.

Pour en revenir à nos moutons: pour ma part (mais d'autres seront en désaccord) je considère que les virus utilisent (sans "conscience") de véritables stratégies d'évolution, dans la nature même de leurs protéines impliquées dans la réplication. Ces réplicases sont imparfaites par design, elles sont programmées pour faire des erreurs "intentionnellement" et créer des mutations qui pour la plupart seront préjudiciables mais de temps en temps bénéfiques au virus (ou plutôt à sa "descendance") en lui procurant des caractéristiques mieux adaptées à son environnement.
La machinere cellulaire des cellules humaines est au contraire ultra-fiable et traque la moindre erreur dans la réplication de l'ADN original (et sa traduction en ARN). Le seul moment où il y a mélange et apparition de "nouveautés/mutations", c'est lors de la fusion spermatozoïde-ovule et que la magie de la recombinaison offre des modifications au patrimoine génétique originale, pour un changement de phénotype qui sera plus ou moins favorable à son environnement.

Finalement, virus et humains ont la même stratégie d'évolution, à la racine. C'est juste que cela ne se fait pas à la même cadence et surtout que les outils d'adptation à l'environnement sont bien plus multiples pour nous, les humains, que le virus.

[cdang]

Disons que philosophiquement, pour moi, mettre le terme « stratégie » à côté de « virus », c'est mettre un pied dans la religion, ce dernier mot étant utilisé sans aucun a priori négatif (ça peut aller de l'animisme, tout a une âme même les virus, à la croyance en un dieu omnipotent qui gère l'évolution des virus ; âme étant utilisé dans le sens de l'existence d'une volonté à la source du mouvement, bref plus shinto que catholique). Mais du coup on n'est plus dans la science.

Et d'un point de vue application pratique, je trouve que prêter une volonté au virus, c'est reporter sur ledit virus la responsabilité de la situation — on a un méchant qui nous attaque — alors que de toute évidence, la situation dérive totalement de nos actes à nous humains (élevage intensif, destruction de l'éco-système, circulation mondiale des vecteurs). Et donc ça focalise sur les actions de lutte contre le virus — qui sont importantes, hein — et fait oublier les actions pour éviter que d'autres virus n'apparaissent trop fréquemment et ne se diffusent trop vite (parce que bien évidemment, même si on arrêtait du jour au lendemain nos conneries, on aurait quand même des maladies ; les maladies n'ont pas attendu la révolution agro-industrielle pour ravager des populations ; mais on en aurait moins).

[Yusei]

philosophiquement, pour moi, mettre le terme « stratégie » à côté de « virus », c'est mettre un pied dans la religion

Enfin, c'est pas lié au fait que ce soit un virus, aucune espèce n'a de stratégie évolutionnaire, c'est juste un raccourci de langage ou un emprunt à la théorie des jeux, qui est quand même bien pratique pour s'exprimer.

[cdang]

qui est quand même bien pratique pour s'exprimer.

mais qui a des effets secondaire délétères à mon sens.

[Udo Femi]

Très honnêtement, vu les trous béants que je constate dans la culture scientifique de la population générale, la sémantique autour de la volonté ou la conscience du virus, c'est le cadet de mes soucis

Je te rejoins sur le fait que ça reporte le problème sur l'ennemi plutôt que nos comportements mais honnêtement, si déjà les gens pouvaient tous comprendre qu'ils sont contagieux même sans symptômes lors d'une infection, je serais déjà comblé. On en est là.

Alors faire le reccourci et dire que cet ennemi invisible existe et profite de nos comportements (individuels et collectifs) pour se développer et prospérer, c'est un petit mensonge/raccourci qui n'est tout de même pas si éloigné de la "vérité", au final.

[Mugen]

En matière de culture scientifique, un biais assez pénible que je constate est celui qui consiste à penser que quand un scientifique dit "je ne sais pas", il dit en fait "non".
Alors qu'en réalité, il dit bien qu'en l'état de ses connaissances, il n'a aucune réponse à donner, dans un sens comme un autre.
Sachant que même s'il avait une réponse, celle-ci ne vaudrait elle aussi bien sûr qu'en l'état de ses connaissances...

[Vorghyrn]

Pour la "stratégie évolutive" aucune espèce n'en a car aucune espèce ne réfléchie (pas encore) à l'échelle des temps de l'évolution et donc ne se modifie elle-même (ou une autre espèce) pour "suivre un plan" à ce niveau. Le terme, pris au premier degré est donc un non-sens, mais, comme le dit Yusei, c'est pratique pour discuter.
Ce qui existe par contre, ce sont des mécanismes qui finissent par suivre une co-adaptation (le taux d'erreur dans la réplication + le mode de reproduction : virus = reproduction rapide et nombreuses erreurs autorisés, ce qui donne de nombreux virus dysfonctionnels mais peut voir émerger des variants mieux adapté, eucaryotes = reproduction lente mais peu d'erreur autorisés et de nombreux mécanisme de stabilisation de la cellule, organe, organisme).

Ces mécanismes sont observé en co-adaptation aujourd'hui parce que c'est, par hasard, ce qui marché lors des derniers millions d'années. Ca ne préjuge en rien d'une volonté ou même d'une efficacité dans l'absolue (de même que l'émergence et la domination de l'espèce humaine ne prouve pas qu'avoir un cerveau développé soit la meilleure façon d'évoluer quelque soit les conditions). On est en plein dans le biais du survivant.

c'est reporter sur ledit virus la responsabilité de la situation — on a un méchant qui nous attaque — alors que de toute évidence, la situation dérive totalement de nos actes à nous humains (élevage intensif, destruction de l'éco-système, circulation mondiale des vecteurs). Et donc ça focalise sur les actions de lutte contre le virus — qui sont importantes, hein — et fait oublier les actions pour éviter que d'autres virus n'apparaissent trop fréquemment et ne se diffusent trop vite (parce que bien évidemment, même si on arrêtait du jour au lendemain nos conneries, on aurait quand même des maladies ; les maladies n'ont pas attendu la révolution agro-industrielle pour ravager des populations ; mais on en aurait moins).

sans aucune volonté d'être désagréable, mais là, je pense que tu donne un peu dans la logique que tu critique au-dessus à savoir chercher un méchant, un gentil, une raison, une intention. De mon point de vue la réalité et beaucoup plus crue que ça : Les virus ne sons ni gentils ni méchants, pas plus que nous et nos "conneries" avec l'éco-système planétaire. Ce ne sont pas des conneries, ce sont des changement de dynamiques qui ont des effets, effets qui seront négatifs pour tout ce qui ne s'y adapte pas assez vite (y compris nous).
Quand les bactéries faisant de la photosynthèse, qui donc produit de l'oxygène, ont commencé à modifier la composition de l'atmosphère, surchargé en CO2 à l'époque, ce n'était pas techniquement très différent de ce que nous faisons : un changement massif de l'écosystème qui a exterminé 95%+ de la vie sur terre, pas prête à vivre dans une atmosphère relativement riche en O2. Aujourd'hui l'oxygène, on trouve ça tous très bien et on ne pense pas trop à toutes les espèces de bactéries éteintes parce que leurs copines ont pollué l'atmosphère, de leur point de vue. Tout cela est un système à des milliards  de paramètres qui évolue sans cesse et où il n'y a qu'une seule règle : s'adapter ou mourir.

Du coup, je veux bien qu'on pinaille sur le terme de "stratégie évolutive" ou des "intentions des virus" en se plaçant au niveau de la "conscience évolutive" (ou plutôt de son absence) mais dans ce cas, la pollution généré par l'humanité n'est également qu'une transition supplémentaire et n'est ni bien ni mauvaise

[cdang]

Alors même si c'est un peu le fond de ma pensée, je n'ai pas écrit « humain = méchant », j'ai écrit « la situation dérive totalement de nos actes ». La différence, c'est que je ne cherche pas un coupable, je cherche à expliquer comment on en est arrivé là. Je pointe le fait que l'on est en grande partie responsables de la situation.

Par ailleurs, je trouve que vouloir coller une volonté et une stratégie, même si ce n'est qu'un raccourci, met en évidence la difficulté que l'on a à accepter l'aléatoire dans la vie. Enfin quand ça nous arrange : on expliquera volontiers les morts de la route avec un fatalisme « le risque zéro n'existe pas » (qui est en fait un argument pour revendiquer le droit à ne pas respecter les limitations de vitesse, une recherche de la jouissance sans entrave sous l'impulsion de notre striatum) ; mais se dire que la vie sur Terre pourrait n'être que l'effet du hasard et que la mort frappe en aveugle quand on se conduit « normalement » (selon les normes de notre société), c'est plus compliqué.