C'est une vaste question et elle est un peu passionnelle.
Donc je vais répondre sur trois critères :
- le matériel disponible pour les règles
- le matériel disponible sur l'univers
- les scénarios
1) Les règles
Une édition c'est d'abord ses règles, les 5 éditions (j'exclus de cette discussion Rokugan d20) ayant des règles un peu (1 2 3 4) ou beaucoup (5, Aventures à Rokugan) différentes.
- disponibilité :
en papier, je pense que les seules dispo sont la v5 (Philibert en a) et AiR.
en pdf, toutes les éditions sont trouvables (en vo sur drivethru - attention, l'éditeur c'est Edge studio).
- facilité d'apprentissage :
la situation est simple : les 4 premières sont sensiblement la même chose, avec quelques différences (la 2° met en scène des persos "sensiblement" plus faibles même si le ND est adapté, la 3° est plus compliquée, la 4° est plus complexe que la v1 mais elle tourne sans pensum).
La 5ème (ouais je prend de l'avance sur la réponse de Loris) est une catastrophe industrielle : mal pensée, mal écrite, et si elle introduit de nombreuses nouveautés (elle repense le roll and keep, oriente le jeu vers le drama, met du narrativisme, revient à une meilleure létalité grâce à des dégâts fixes ; bref c'est un feeling assez différent de la v4), elle le fait avec les pieds, dans un bouquin incompréhensible (pour résumer, sur certains sujets, les auteurs avaient deux règles en tête, les deux sont dans le bouquin, mais pas indiquées comme des alternatives Oo - ah oui et parfois il y en a une troisième ^^ et parfois il n'y a qu'une règle mais elle est dans les marges). La commu est très active (la commu de l'assemblée rôliste qui est le successeur du serveur discord de Edge est extrêmement active pour aider sur les règles, et il y a bien besoin) même si la v5 étant clivante, la Voix de Rokugan (qui m'intéresse

) n'a pas basculé en v5 (avec des nuances, j'ai joué ma première partie de v5 avec le président de la Voix comme MJ, j'en ai mené une campagne... mais globalement ça n'a pas pris : la rupture mécanique est trop dure).
AiR ben c'est D&D mais bien porté (càd mieux que Rokugan d20). Dans les tropes de l'univers (on peut les rajouter mais ils ne sont pas prévus, et même si le portage culturel a été bien réalisé comme par exemple les courtisans) on est plus proche de med-fan classique que de Rokugan. Les nagas sont jouables, les kenku aussi... c'est plus libre et moins corseté. Il n'y a pas d'honneur par exemple !
2) L'univers
C'est le même. Les différences introduites par la V5 sont cosmétiques, il y a quelques différences philosophiques dans la structuration du contenu (la v5 préfère donner des pistes et laisser les MJ libres alors que les v3 et v4 avaient une ambition encyclopédique, avec les EE notamment). Par exemple, la v5 féminise Hoturi (ça permet de moderniser la relation avec Kachiko), met un deuxième fils à l'Empereur, change la dynamique du coup d'Etat (qui devient plus cohérent avec la culture japonaise, j'aime bien).
La v5 est en train de compléter ses clanbooks (après la licorne vf l'an dernier, le scorpion vo sort cette année, en vf l'année prochaine et... fin de la gamme). Bientôt une v6 ? Si elle est chez Edge ce sera plutôt "retour au v1-like" et si elle n'est pas chez Edge, Matagot est sur les rangs.
3) les scénarios
Là aussi c'est simple : si tu mènes en v1-4, la transposition des stats est quasi instantanée (il faut se méfier de certains pouvoirs de v1 qui ont été nerfés en v4, l'école de maho-bujin n'a rien à voir par exemple). Il y a peu de scénarios v4 officiels (la boite Seconde Cité est nulle (1)) mais la Voix a sorti une tonne de matériel disponible gratuitement sur le site.
Si tu mènes en v5, ... il faut bosser pour les adapter, notamment la cité des mensonges (2) (règles mais surtout philosophie du jeu : on est beaucoup plus émotions, drama en v5 que enquête pure). Par contre, la v5 dispose (enfin...) d'une gamme de scénarios étendus (payants, mais ils ont des add-ons gratuits).
Si je regarde ceux que j'ai menés :
- le championnat de Topaze est un décalque (un peu simplifié) de la v1. Il est donc patchable avec le contenu de la v1, je lui avais rajouté Nuit agitée au ryokan Mitsuba pour mettre un peu de vie. Mon rêve c'est toujours de faire une version ++ du championnat de la v1 en ajoutant des trucs de la v5 et du scénario du LdB de v4 (qui est plus scénario de cour).
- meurtre au château du champion d'émeraude est une enquête sympathique mais pas renversante (surtout on y voit la différence culturelle entre v1+ et v5 où les choses sont beaucoup plus mdestes en v5)
- Wedding at Kyotei est globalement sans intérêt mais en le twistant avec Murder at Kyotei ça peut faire un scénario mémorable.
(1) vous trouvez que les Masques, à Ctthulhu, c'est un peu trop un tobogan ? Second City a répondu "hold my beer" et a mis un serpent géant.
(2) par exemple, pour faire la Cité des mensonges (et le Miroir des vanités) à ma table du dimanche, j'ai abandonné ma campagne v5 en cours et je suis revenu en v4. je voulais une édition dont je maîtrise les règles sur le bout de doigts (c'est pas pour les stats des PNJ vu que je simplifie et que c'est une campagne essentiellement politique).
Pour répondre à ta deuxième question, la Cité des mensonges est écrite en v1 mais elle se transpose en v4 "instantanément" ou presque (les pouvoirs des maho-tsukai sont pas tout à faite les mêmes... mais si tu gardes les stats v1 les joueurs ne verront pas la différence). Tu peux parfaitement utiliser la v4 pour les PJ et la v1 pour les PNJ chiffrés dans la boite (j'utilise moi-même mon système simplifié pour les PNJ, ça se mélange sans problème).